Perangkat Daerah Kabupaten Bolaang Mongondow Timur terdiri dari :

1. Sekretariat daerah yang dipimpin oleh Sekretaris Daerah dan bertanggung jawab kepada Bupati. Sekretariat Daerah terdiri atas: 

Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat yang membawahi: 

• Bagian Pemerintahan;
• Bagian Kesejahteraan Rakyat; dan
• Bagian Hukum.

Asisten Perekonomian dan Pembangunan terdiri atas:

• Bagian Administrasi Pembangunan;
• Bagian Pengadaan Barang dan Jasa;
• Bagian Perekonomian dan Sumber Daya Alam; dan
• Bagian Keuangan.

Asisten Administrasi Umum terdiri atas : 

• Bagian Umum;
• Bagian Organisasi; dan
• Bagian Protokol dan Dokumentasi Pimpinan.

 

2. Sekretariat DPRD dipimpin oleh Sekretaris DPRD dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Sekretariat DPRD mempunyai tugas membantu Bupati dalam melaksanakan fungsi penunjang pelayanan administrasi dan pemberian dukungan terhadap tugas dan fungsi DPRD.
3. Inspektorat dipimpin oleh Inspektur dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Inspektorat mempunyai tugas membantu Bupati dalam membina dan mengawasi pelaksanaan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah dan tugas pembantuan oleh Perangkat Daerah.
4. Dinas Daerah dipimpin oleh Kepala Dinas yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dinas Daerah terdiri dari : 

1. Dinas Pendidikan dan Kebudayaan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pendidikan dan kebudayaan;
2. Dinas Kesehatan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kesehatan;
3. Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan Rakyat, Kawasan Permukiman dan Pertanahan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pekerjaan umum dan bidang perumahan dan kawasan permukiman;
4. Dinas Satuan Polisi Pamong Praja dan Kebakaran yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketenteraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat pada sub urusan ketenteraman dan ketertiban umum, penegakan Perda, ketertiban umum dan ketenteraman masyarakat;
5. Dinas Sosial yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang sosial dan tugas pembantuan yang diberikan kepada daerah.
6. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa mempunyai tugas membantu Bupati melaksanakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah di bidang pemberdayaan masyarakat dan desa terkait pemberdayaan usaha ekononomi pedesaan dan pemberdayaan lembaga kemasyarakatan serta tugas pembantuan yang diberikan kepada kabupaten.
7. Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak;
8. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang administrasi kependudukan dan pencatatan sipil;
9. Dinas Perdagangan, Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perdagangan, bidang perindustrian, bidang koperasi, usaha kecil dan menengah;
10. Dinas Pertanian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pertanian;
11. Dinas Ketahanan Pangan yang menyelenggarakan urusan bidang pangan;
12. Dinas Perikanan yang menyelenggarakan urusan bidang perikanan;
13. Dinas Lingkungan Hidup yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang lingkungan hidup;
14. Dinas Komunikasi dan Informatika yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang komunikasi dan informatika, bidang persandian dan bidang statistik;
15. Dinas Perhubungan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perhubungan;
16. Dinas Perpustakaan yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perpustakaan dan bidang kearsipan;
17. Dinas Pariwisata yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pariwisata;
18. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang penanaman modal dan pelayanan terpadu satu pintu;
19. Dinas Pemuda dan Olahraga yang melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah di bidang kepemudaan dan keolahragaan serta tugas lainnya yang diberikan oleh Bupati;
20. Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana yang mempunyai tugas membantu Bupati melaksanakan urusan pemerintahan di bidang pengendalian penduduk, keluarga berencana, ketahanan dan kesejahteraan keluarga yang menjadi kewenangan Daerah Kabupaten dan tugas pembantuan yang ditugaskan kepada Daerah Kabupaten.
21. Dinas Transmigrasi dan Tenaga Kerja yang mempuyai tugas melaksanakan sebagian urusan pemerintahan daerah berdasarkan asas otonomi dan tugas pembantuan di bidang Tenaga Kerja, Pemberdayaan Masyarakat dan Transmigrasi.

5. Badan Daerah terdiri atas: 

1. Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pengembangan Daerah yang melaksanakan fungsi penunjang bidang perencanaan dan pengendalian, serta bidang penelitian dan pengembangan;
2. Badan Pengelolaan Keuangan dan Pendapatan Daerah yang melaksanakan fungsi penunjang bidang keuangan;
3. Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia yang melaksanakan fungsi penunjang bidang kepegawaian, pendidikan dan pelatihan;
4. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik yang melaksanakan urusan pemerintahan bidang kesatuan bangsa dan politik; dan
5. Badan Penanggulangan Bencana Daerah yang menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketenteraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat pada sub urusan bencana

6. Kecamatan di wilayah Kabupaten Bolaang Mongondow Timur yang merupakan bagian wilayah dari daerah kabupaten dan merupakan Perangkat Daerah. Kecamatan teridiri dari: 

1. Kecamatan Kotabunan
2. Kecamatan Modayag
3. Kecamatan Modayag Barat
4. Kecamatan Mooat
5. Kecamatan Motongkad
6. Kecamatan Nuangan
7. Kecamatan Tutuyan

Selain Perangkat Daerah, Bupati dalam melaksanakan tugas dapat dibantu Staf Ahli Bupati. Staf Ahli Bupati merupakan unsur pembantu Bupati yang mempunyai tugas memberikan rekomendasi terhadap isu-isu strategis kepada Bupati seusai pembidangan. Staf Ahli terdiri dari :

• Staf Ahli Bupati Bidang Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat;
• Staf Ahli Bupati Perekonomian dan Pembangunan; dan
• Staf Ahli Bupati Administrasi Umum.